在庫がマイナスになるのはなぜ？

これは仕様です。在庫が足りなくても、会計が止まることはありません。営業中のレジで最優先すべきは、お客様をお待たせしないこと。帳簿上の数字はあとから直せますが、中断してしまった販売は戻ってきません。

在庫がマイナスになる主な原因は、入荷が記録されていないか、予約注文の商品がまだ届いていないことです（予約注文は受付時に在庫が減ります）。入荷は発注書の入庫で記録すれば、数字は自然に戻ります。棚卸の差異は手動で調整してください。調整内容は在庫履歴に残ります。